我国秸秆发电产业仍然处于起步阶段，虽然出台了一些优惠政策，但是当前的效果并不乐观，不具备较强的市场竞争力。江苏兴化某企业与中科院能源所合作建设投资的兴化生物质气化发电项目，目前由于电价过低，企业持续亏损，处于停产状态，就是个典型的例子。
1、建设和运营成本相对较高
(1)单位造价大。与常规的燃煤发电相比，秸秆发电燃料的特点决定了其单位千瓦投资大。
(2)燃料成本高。相比传统燃煤发电，秸秆发电的燃料成本构成更加复杂。秸秆发电燃料成本不仅有秸秆等原料的购买成本，还有占较大比重的加工成本、储运费用以及损耗占燃料成本，农作物秸秆可以经过
秸秆颗�；�、
秸秆压块机压制成生物质成型燃料，生物质成型燃料主要供生物质电厂燃烧使用。
(3)对秸秆发电的环境价值认识不够，单纯的从直接的投入、产出角度考量秸秆发电项目的成本，没有考虑秸秆发电所带来的环境效益。
(4)秸秆发电项目需要一定的辅助人员，而这些辅助人员主要集中在燃料这部分，使秸秆发电需要较高的运营人工工资和管理成本。
2、产业链还需要进一步完善
(1)能源发展的资源调配问题研究不足。目前国内对于新老能源发展资源调配的研究还存在着空白，使得发展秸秆发电在资源调配领域缺乏理论支持。
(2)人才支撑不够。目前国内缺乏现成可供借鉴的运营企业，各科研单位和院校也没有设置对口的专业，导致缺乏真正熟悉和掌握秸秆发电的人才。
(3)科研和技术支撑不够。秸秆发电技术跨度较大、综合性较强，既涉及到系统的运筹和管理，又涉及到农业、农机，国内从工程设计、基础性科学、机械设备等方面的研究都落后于现在产业的发展水平。
(4)国内与秸秆发电相关的软科学研究落后。对秸秆发电项目的生命周期缺乏认识、判断、评价和控制。
(5)秸秆发电外部性经济分析不透彻。无法得到明晰的秸秆发电外部效应，进而无法为国家政策对秸秆发电项目进行扶持提供支持。
3、存在无序竞争的可能性
秸秆发电产业是典型的“小电厂、大燃料”，燃料供应是生物质发电项目正常运营的前提。中国人多地少，秸秆体积大、重量轻，不适合长距离运输，导致燃料收购、储存和运输均较困难。若项目容量太大或者项目之间规划距离太近，或在以农作物秸秆为原料的造纸、饲养行业发达的地区规划建设生物质发电项目，将会对秸秆发电项目的正常运营造成非常不利的影响。目前，有些省份己出现了一个县（市）布点多个生物质发电项目或规划多台机组的问题。学术界也在积极呼吁，在规划上加强宏观调控。
