为了保证湿储存的秸秆品质和保持较长的储存期，必须对储存操作规范提出严格技术要求。收割要尽量减少切口数量，若是联合收割机，在机上同时粉碎，就要减少堆放时间，并用抛物方法使物料降温后抛人储存仓，同时配以碾压。从收割到粉碎封装，一般控制在4h内，仓外堆积时间控制在1h之内，尽可能减少采收后秸秆与空气长时间接触，以防止秸秆有机质的糖化降解；仓内堆积密度控制在0. 4～0.6t/m3，尽可能排出体系内的残余空气，削弱微生物的活动；储存过程中，要严格监视体系内的pH。封装后秸秆上往往附着有乳酸菌、乙酸菌、腐败菌等，在适合的温度、水分条件下，利用采收时秸秆中的可溶性糖类作呼吸碳源，产生乳酸、乙酸等，可使体系的pH迅速降低至4.2以下，抑制微生物的生物活性，保证秸秆储存的稳定性。
在整个储存过程中，必须保证乳酸发酵的主导地位，其原因主要是由于乳酸的酸性要比有机羧酸的酸性强得多，体系酸度值降低得更快一些。如果秸秆附着的乳酸菌较少，可以向秸秆中喷洒乳酸菌，必要时可向秸秆体内增加一些有机酸如甲酸、乙酸、丙酸以及它们两种或两种以上酸的复配物等，必要时喷撒无机酸稀释液，如硫酸、磷酸等，似调整体系内酸度值，使得酸度值迅速下降，抑制霉菌、腐烂菌等生物活性。特别需要说明的是湿储存体系不得加入酶制剂如纤维素酶等，防止秸秆有机高分子的降解，否则，秸秆中有机质损失更大，热值损失会更高。
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